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噬菌體展示:蛋白質(zhì)與核酸偶聯(lián)的理想平臺

發(fā)表時間:2023-06-05 訪問次數(shù):381

展示技術(shù),尤其是噬菌體展示技術(shù),在許多領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。展示技術(shù)的理論核心是噬菌體表面的蛋白質(zhì)/肽與同一噬菌體內(nèi)部的編碼DNA序列之間的物理聯(lián)系。從噬菌體展示的肽/蛋白/抗體庫出發(fā),利用下一代測序技術(shù)(NGS)日益強大的DNA測序/解碼能力,可以很容易地以高通量的方式獲得豐富的蛋白質(zhì)相關(guān)信息?;谶@些信息,許多科學(xué)和臨床問題可以很容易地解決。在過去的幾年里,在NGS、液滴技術(shù)和大規(guī)模寡核苷酸合成的幫助下,我們已經(jīng)見證噬菌體展示技術(shù)在技術(shù)開發(fā)和應(yīng)用方面的巨大進步。今天小編將分享當前噬菌體展示技術(shù)的最新進展。


1985年,SmithEcoRI基因片段插入噬菌體f1的基因組中得到最終的噬菌體,命名為fECO1,保留了噬菌體的傳染性和外源蛋白EcoRI對抗體的可及性。fECO1的誕生標志著一種新的技術(shù)噬菌體展示技術(shù)被發(fā)明,并且正是由于這一進展,Smith教授獲得2018年諾貝爾化學(xué)獎。


作為展示技術(shù)的核心,感興趣的蛋白質(zhì)在物理上與其編碼的DNA片段相連。與解碼蛋白質(zhì)序列的方法相比,DNA測序技術(shù)要先進得多。利用下一代測序(NGS)的強大功能,可以通過NGS展示平臺回答蛋白質(zhì)相關(guān)的問題。除了Smith所描述的噬菌體展示系統(tǒng),更多其他的展示平臺也逐漸被開發(fā)出來,如基于Ff噬菌體、λ噬菌體、T7噬菌體、T4噬菌體、大腸桿菌、植物乳桿菌、酵母等展示系統(tǒng);mRNA展示技術(shù);核糖體展示系統(tǒng);SNAP展示系統(tǒng)等。迄今為止,已經(jīng)發(fā)表了許多關(guān)于展示平臺的綜述文章和書籍,涵蓋了展示平臺的各個方面,如基于Ff噬菌體的展示系統(tǒng),基于Ff噬菌體的載體,以及展示庫建設(shè)的策略。接下來,我們將主要關(guān)注噬菌體展示技術(shù)的最新進展和新應(yīng)用。

生物學(xué)的噬菌體展示
為了更清楚地介紹噬菌體展示技術(shù)和應(yīng)用的最新進展,首先我們需要了解噬菌體的生命周期。被廣泛應(yīng)用絲狀噬菌體為例,下圖所示,絲狀噬菌體由五個結(jié)構(gòu)蛋白(pIII, pVI, pVII, pVIII, pIX)和一個ssDNA組成。在野生型絲狀噬菌體中,一個末端有5pIIIpVI,另一個末端有5pVIIpIX。剩下的pVIII,每個噬菌體約2700拷貝,與ssDNA相互作用?;蚪M長度為6407 bp。在絲狀噬菌體生命周期的早期,噬菌體的pIII與大腸桿菌的f -菌毛相互作用。一旦相互作用發(fā)生,f -菌毛開始解聚,噬菌體被拉入宿主。隨后,ssDNA被釋放到宿主中。將雙鏈DNA轉(zhuǎn)化為復(fù)制形式后,作為模板生成ssDNA并表達用于組裝子代噬菌體顆粒的蛋白質(zhì)。在噬菌體展示中,外源蛋白的基因片段插入到基因組中,與結(jié)構(gòu)蛋白的基因融合。結(jié)果,外源蛋白與相應(yīng)的結(jié)構(gòu)蛋白融合。融合蛋白和ssDNA被組裝成相同的子代噬菌體粒子。由于基因與外源蛋白質(zhì)之間存在物理聯(lián)系,可以通過基因序列間接獲得蛋白質(zhì)的序列。理論上,所有的結(jié)構(gòu)蛋白都可以作為與外源蛋白融合的載體蛋白。而絲狀噬菌體的pIIIpVIII通常被用作載體蛋白。

噬菌體展示的生命周期和機制

噬菌體顯示技術(shù)的最新進展
噬菌體展示技術(shù)因其獨特的特性被廣泛應(yīng)用于篩選配體、鑒定表位、改善目標分子性能等領(lǐng)域。近年來,如圖所示,隨著NGS、液滴、大量寡核苷酸合成等相關(guān)技術(shù)的發(fā)展,噬菌體展示技術(shù)得到了加速發(fā)展。

噬菌體展示技術(shù)的最新技術(shù)進展

噬菌體展示的最新應(yīng)用
通過噬菌體展示,可以將顯示庫中符合定義標準的克隆,如具有較高的親和力或較高的酶活性。近年來,噬菌體展示除了應(yīng)用于篩選目標分子或組織的特異性配體外,還被進一步應(yīng)用于血清生物標志物的篩選、抗原的鑒定、病毒感染史的調(diào)查、抗體表位的解碼、Ni2+對肽切割的篩選、蛋白性質(zhì)的改善等領(lǐng)域。

考慮到DNA和蛋白質(zhì)解碼的不同,噬菌體展示是通過解碼相應(yīng)DNA獲得蛋白質(zhì)氨基酸序列信息的理想平臺。近年來,隨著NGS技術(shù)、液滴技術(shù)和大量寡核苷酸合成技術(shù)的發(fā)展,噬菌體展示技術(shù)在構(gòu)建噬菌體文庫、解碼顯示元素、評估文庫質(zhì)量等方面取得了很大進展。然而,噬菌體展示領(lǐng)域仍然存在一些挑戰(zhàn)。毫無疑問,噬菌體展示將在不久的將來成為連接蛋白質(zhì)和相應(yīng)DNA的更理想的平臺。

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